مهندسی شیلات یک رشته مهندسی است که به طراحی، اجرا و مدیریت سیستمها و فرایندهای مرتبط با پرورش و نگهداری موجودات آبزی در محیطهای مختلف میپردازد. مهندسان شیلات در زمینههای مختلفی مانند پرورش ماهیان، میگو، صدفداران، کرم ماهی و سایر موجودات آبزی فعالیت میکنند.
در حوزه مهندسی شیلات، مهندسان به بهبود شرایط زیستی و رفاه موجودات آبزی، بهینهسازی روشهای تغذیه، کنترل کیفیت آب، طراحی و ساخت سیستمهای تهویه و فیلتراسیون، مدیریت استخرها و مزارع آبزی و مطالعه اثرات زیستمحیطی مرتبط با فعالیتهای شیلاتی مشغول هستند.